Mit den Fakultäten Theologie, Philosophie und Pädagogik, Sprach- und Literaturwissenschaft, Geschichts- und Gesellschaftswissenschaft sowie Mathematik und Geografie liegt der Schwerpunkt in Eichstätt vor allem auf den Geisteswissenschaften. Ingolstadt ist Standpunkt der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät. Auch Fachhochschulstudiengänge gehören zum Angebot, an den Fakultäten für Religionspädagogik/Kirchliche Bildungsarbeit und für Sozialwesen.
Die von Karljosef Schattner und anderen Architekten entworfenen Gebäude der Universität machen Eichstätt heute zu einem Ziel für alle Fans moderner Architektur.
