Nach der Säkularisation wurde das Fürstbistum Bayern zugesprochen. Die industriellen Entwicklungen des 19. und 20. Jahrhunderts berührten Eichstätt wegen der Lage abseits der großen Verkehrswege kaum. Bis heute siedelten sich nur wenige kleinere industrielle Betriebe am Rande der Stadt an.
Auch von den Verwüstungen der Weltkriege blieb Eichstätt verschont. Durch die Gebietsreform 1972 kam die bisher zu Mittelfranken gehörende Stadt zum Regierungsbezirk Oberbayern und wurde gleichzeitig als „Große Kreisstadt“ Mittelpunkt des gleichnamigen Landkreises.
Die 1958 entstandene Pädagogische Hochschule wurde 1972 zur Kirchlichen Gesamthochschule erweitert und 1980 zur Katholischen Universität Eichstätt erhoben. Sie ist die einzige katholische Universität im deutschsprachigen Raum. 2001 wurde sie in Katholische Universität Eichstätt - Ingolstadt umbenannt.
