Die humanistische Blütezeit des 15. und 16. Jahrhunderts zeigte sich nicht zuletzt in der Anlage des weltberühmten Renaissancegartens „Hortus Eystettensis“. Die Reformation konnte in Eichstätt nicht Fuß fassen. Vielmehr wurde 1564 nach den Vorschriften des Konzils von Trient mit dem Collegium Willibaldinum das erste deutsche Priesterseminar im Geiste der Gegenreformation gegründet. Im Dreißigjährigen Krieg wurde die als „Hochburg des Katholizismus“ geltende Stadt von den Schweden erobert, geplündert und am 12. Februar 1634 fast völlig zerstört.