Die Geschichte der evangelisch-lutherischen Kirchengemeinde Eichstätt beginnt erst im Jahre 1803. Vorher gab es in der katholischen Bischofsstadt Eichstätt keinen einzigen Protestanten. Als gewissermaßen erste urkundliche Erwähnung dieser evang. Christen könnte ihr schriftliches Gesuch an die Regierung des Oberdonaukreises vom 19. März 1811 mit der Bitte um Errichtung einer “Gemeinde“ und der Erwerb eines “Betsaales“ , für offizielle Gottesdienste gesehen werden. Diese Bitte wurde am 24. Dezember 1812 positiv beschieden und die Eichstätter Protestanten wurden der Gemeinde Bieswang, heute einem Ortsteil von Pappenheim, zugeordnet. Noch 1812 wurde versucht die seit der Säkularisation profan als Scheune genutzte ehemalige Klosterkirche Notre Dame zu erwerben. Ein Plan zu deren Sanierung wurde eingereicht jedoch kam dieser Kauf nicht zustande. 1813 wurde dann der Kongregationssaal des ehemaligen Jesuitengymnasiums am südl. Leonrodplatz als “ Betsaal“ ins Auge gefasst. Der Umbau wurde zwar begonnen aber nie zu Ende geführt letztendlich wurde auch dieses Vorhaben aufgegeben. Ein Saal im Gebäude der Domdechanei, dem heutigen Postgebäude, am Domplatz wurde auf Grund des Vetos von Herzog Eugen von Leuchtenberg nicht an die Protestanten verkauft.
Bis 1838 war die Eichstätter Gemeinde bereits auf ca. 200 Gläubige angewachsen und das Raumproblem wurde dringender.
Fast 40 Jahre lang diente der ehemalige Domherrenhof als “ Kirche“ . Im Januar 1882 wurde der berühmte Architekt August Thiersch, Professor an der “ Polytechnischen Schule“ München, jetzt Technische Universität, mit der Planung einer richtigen Kirche und eines Pfarrhauses beauftragt. Der erste Entwurf zeigt eine dreischiffige romanische Basilika – der Domherrenhof Welden sollte der Spitzhacke zum Opfer fallen! Dieses ganze Bauvorhaben scheiterte aber an den Kosten. In einem vereinfachten Entwurf vom Juli 1884 sparte man den Pfarrhausneubau und entschloss sich den Domherrenhof Welden als Pfarrhaus zu nutzen.
Am 11. Mai 1886 erfolgte der Spatenstich und am 30. Juni 1886 wurde nach mancherlei Schwierigkeiten, z.B. mit dem ungünstigen Baugrund, der Grundstein für die heutige Kirche gelegt.
Die Kirche wurde dann als dreischiffige Basilika, mit frühchristlichen und italienisch-romanischen Zügen, erbaut und am 23. November 1887 feierlich eingeweiht. Als beherrschender Schmuck der Altar-Apsis waren die drei Fenster mit Glasmalereien der Firma Bouché, München, anzusehen. Die Entwürfe für diese Fenster stammen von dem Historienmaler Ludwig Thiersch. Der Altartisch wurde aus Eichstätter Juramarmor gefertigt und der Münchner Bildhauer Thomas Dennerlein formte aus Carrara-Marmor des Kruzifix, nach einer Zeichnung Thierschs. Dieses Kruzifix steht heute in der Meditationsecke. Thomas Dennerlein war es auch, der den Adler, das Symbol des Evangelisten Johannes, unter dem Kanzelpult schuf. Der Altarraum selbst war mit Wandmalereien ausgestattet. Die Firma Steinmeyer in Oettingen baute die noch heute vorhandene Orgel