Nach der Säkularisation (1806) verließen die letzten Klosterfrauen 1832 das Kloster. 1838 wurden große Teile abgebrochen (Konventbau, Kirchenchor), jedoch blieb das Kirchenlanghaus erhalten und dient seit 1843 wieder dem Gottesdienst.
Da der barocke Altar der Kirche 1832 nach Großnottersdorf verkauft worden war, wurde 1843 ein spätgotischer Flügelaltar (entstanden um 1520) aufgestellt; die Vespergruppe im Schrein wird eingerahmt von den Relieffiguren St. Barbara und St. Margareta auf den Flügeln innen. Die Flügel außen zeigen Gemälde von St. Antonius dem Einsiedler (rechts) und St. Leonhard (links). Hinter den Flügeln befinden sich Reliefs aus einer Apostelfolge mit Christus Salvator (um 1500). An die Klostergründerin Walburga Eichhorn erinnert ein Epitaph an der Langhauswand links vom Altar. Ebenfalls an der linken Langhauswand findet sich eine bemerkenswerte Holzfigur (um 1510), die die Kirchenpatronin St. Anna mit Maria und dem Jesuskind darstellt. Rechts im Altarraum fand die schöne spätgotische Steinmadonna (um 1490) Aufstellung, die bisher über dem barocken Portal zu sehen war.
