Die Burganlage wurde 1355 vom Bischof Berthold Burggraf von Zollern errichtet und diente bis 1725 als Bischofssitz. In den nächsten Jahrhunderten wurde die Willibaldsburg von verschiedenen Bischöfen ausgebaut. Im 17. Jhd. erfolgte der Umbau der Burg zu einer repräsentativen Residenz. 1633 wurde die Burg von den Schweden erobert aber im gleichen Jahr zurückerobert. Von der 420 m langen Burganlage sind Mauern und Bastionen, das Zeughaus, die 63 m lange Torhalle und der "Gemmingenbau" mit den beiden Türmen erhalten. Im Nordflügel des Gemmingenbaus ist das Jura-Museum mit den bekannten Fossilien der Solnhofener Plattenkalke, im Südflügel ist das Ur- u. Frühgeschichtliche Museum untergebracht. 1998 wurde auf der Schmiedbastion der sog. Bastionsgarten mit Pflanzen aus dem Hortus Eystettensis eingerichtet.
Die Geschichte
der Willibaldsburg beginnt Mitte des 14. Jahrhunderts.
Der 45. Bischof von Eichstätt, Burggraf Berthold von Nürnberg, begann um 1355 mit dem Bau einer Burg auf dem Berge des hl. Willibald. Die Lage der ersten Burg wurde bestimmend für die ganze Geschichte der Willibaldsburg.
Bischof Bertholds Nachfolger bauten an der Burg weiter und verstärkten sie.
Die älteste Abbildung der Willibaldsburg stammt aus der Chronik von Hartmann Schedel 1493.
Martin von Schaumberg, Bischof von 1560-1590, machte den ersten entscheidenden Schritt zu einer durchgreifenden Erneuerung der Willibaldsburg, östlich der Schildmauer.
Heute wird die Gestalt der Burg vor allem durch die Bautätigkeit des 58. Bischofs Johann Conrad von Gemmingen (1595-1612) bestimmt.
Mit der Planung für den Neubau eines Schlosses beauftrage der Bischof den Augsburger Baumeister Elias Holl. Hofbaumeister Hans Alberthal hatte die Bauleitung vor Ort.
Berühmt war der Garten des Bischofs, in seinem Auftrag legte der Nürnberger Apotheker Basilius Besler auf den der Burg umgebenden Befestigungen einen botanischen Garten an. Die Pflanzen die in diesem Garten gediehen wurden in Kupfer gestochen und daraus entstand eines der berühmtesten Pflanzenbücher mit über 1000 Abbildungen.
Bischof Conrad v. Gemmingen erlebte die Fertigstellung seines Pflanzenbuches sowie den Ausbau seiner Burg nicht mehr, er starb im Nov. 1612.
Sein Nachfolger Christoph von Westerstetten, Bischof von 1612-1636, erweiterte und verstärkte die Willibaldsburg durch die Schellenberg- und Schmiedbastion. Den neuen Hauptzugang in die Burg sicherte ein neuer tiefer Graben mit Zugbrücke und eine mächtige Torhalle.
Eine furchtbare Zeit für Stadt Eichstätt und die Willibaldsburg brachte der dreißigjährige Krieg mit sich. Am 26. April 1633 standen die Schweden, unter der Führung von Bernhard von Weimar, vor der Burg. Die Belagerung dauerte von 04. Mai bis 13. Mai. Durch eine Bresche in der Binderschanze wurde die Burg erobert.
Am 23. Oktober 1633 eroberten die kaiserlichen Truppen, unter Johann von Werth, die Willibaldsburg zurück.
Die nachfolgenden Bischöfe ließen die Schäden des dreißigjährigen Krieges beseitigen und die Bastionen gegen das „Tiefe Tal" errichten.
Nach dem Bau der Stadtresidenz (1725) wurde die fürstbischöfliche Hofhaltung in die Stadt verlegt, die Willibaldsburg verlor weitgehend ihre Funktion.
Für den Erhalt der Burg wurde nur noch das nötigste investiert. Verwaltung, Kanzlei, Archiv und Bibliothek, das Militär sowie verschiedene Handwerker waren noch in der Burganlage untergebracht.
1784 wurde in den Gebäuden an der Schellenbergbastion ein Zuchthaus eingerichtet und 1810 aufgelöst. Auf Grund der Säkularisation (1802) hatte das Hochstift aufgehört zu bestehen. Die neuen Landesherren plünderten die Willibaldsburg aus und verkauften sie anschließend 1806 an Privatleute zum Abriss.
Viele ruinöse Gebäudeteile mussten abgetragen werden. Das Kriegsministerium kaufte 1829 die Burg zurück und begann mit der Wiederherstellung und dem Umbau der verfallenen Gebäudeteile.
Von 1855 – 1873 diente die Willibaldsburg als Kaserne sowie als Kriegsgefangenenlager für französische Soldaten.
1880 kaufte die Stadt Eichstätt die Burg. Der Historische Verein bemühte sich schon damals um die Rettung und den Erhalt der Anlage und richtete 1886 ein lokalhistorisches Museum ein.
1900 erwarb der Staat die Willibaldsburg. Im ersten Weltkrieg waren wieder französische Kriegsgefangene untergebracht.
1962 übernimmt die Bay. Schlösserverwaltung die Burg, seither werden umfassende Restaurierungsarbeiten durchgeführt.
