Das Jura-Museum widmet seine Ausstellung den Solnhofener Plattenkalken, die eine Fossilfundstelle von weltweiter Bedeutung sind. Das Museum zeigt und erforscht die große Vielfalt an Lebewesen, die es am und im tropischen Meer der Jurazeit vor rund 150 Millionen Jahren gab. Außergewöhnlcihe Besonderheiten wie das Original des Eichstätter Exemplars von Archaeopteryx und Juravenator, der besterhaltene Raubsaurier Deutschlands, aber auch fossile Flugsaurier, Fischsaurier, Krebse, Pfeilschwanzkrebse, Haie, Fische und viele mehr eröffnen ein Fenster in eine Vergangenheit, in der die Region ganz anders aussah. Von dieser Zeit aus, in der die Dinosaurier fliegen lernten, können Besucher viele Aspekte des Fliegens erkunden. Eine weitere Brücke zur Gegenwart schlägt der Aquarienraum mit seinen "lebenden Fossilien“ und dem größten lebenden Riff Bayerns. Regelmäßig wechselnde Sonderausstellungen ergänzen die Ausstellung.