Mit dem heutigen Wissensstand muss diese posthum erfolgte Ehrung des Bischof Brems kritisch hinterfragt werden, spätestens seit die Unabhängige Aufarbeitungskommission (UAK Eichstätt) im November 2022 einen Zwischenbericht veröffentlicht hat (siehe Anlage unten). Kern des Berichtes sind Kenntnisse Brems’ über sexuellen Missbrauch durch einen Priester des Bistums Eichstätt an minderjährigen Mädchen in den 1960er Jahren sowie weitere Vorwürfe sowohl strafrechtlich relevanter als auch zumindest moralisch höchst verwerflicher Taten. „Die Erkenntnisse erhärten sich zunehmend, dass Bischof Brems den Fall nicht nur vertuscht hat, sondern den Priester bei seiner Flucht vor der Polizei geholfen hat“, erklärte das Bistum Eichstätt dazu. Er sei demnach vollumfänglich informiert gewesen, habe jedoch keine Gegenschritte eingeleitet. Als unmittelbare Konsequenz gelte es laut Aufforderung von Bischof Gregor Maria Hanke nun, das Erbe von Bischof Alois Brems neu zu bewerten.
Die Jugendstiftung des Bistums hat ihre Konsequenzen gezogen, indem sie den Bischof-Alois-Brems-Preis eingestellt hat. Ebenso hat sich die Theologische Fakultät der Katholischen Universität Eichstätt-Ingolstadt von der Ehrenpromotion für Bischof Brems distanziert.
